Події відбуваються у всесвіті, паралельному світові оригінального серіалу Чарівниця Мадока Магіка.

Іроха Тамаі – шістнадцятирічна дівчина, яка б’ється з чаклунками в місті Такарасакі. Вона не пам’ятає ні про те, коли вона уклала контракт з Кубі, ні про те, заради кого він був укладений. Так триває доти, доки після одного бою їй в голову приходить видіння уві сні – виявляється, дівчина стала чарівницею, щоб вилікувати свою зниклу сестру Уі від хвороби.

Бажаючи з’ясувати, що сталося з сестрою, Іроха прямує до Каміхами – таємничого міста, в якому живуть одні з найсильніших чаклунок. Ходять чутки про те, що лише тут чарівниця здатна знайти щастя і звільнитися від боротьби з чаклунками.

У цьому світі існують люди, які можуть проникати в розум людини й маніпулювати її спогадами. Такі особи дуже цінуються в кримінальному світі, оскільки їх вміло використовують у брудних справах. Але у цієї сили є й зворотний бік: якщо часто її використовувати, власник втрачає частина спогадів, і розум руйнується. Через страх і зневагу стосовно цих людей їх назвали “тваринками”.

Місто під назвою Діра, як не дивно, – справжня діра. Населяють його не найприємніші особи. Однак, на їхній погляд, є дехто мерзенніший і огидніший – чаклуни. Вони, як неважко здогадатися, володіють магією. А погану репутацію заслужили завдяки своїм нелюдським дослідам, які проводять на нещасних громадянах нетрів, вдираючись в їхнє місто зі свого світу крізь магічні двері.

Суворе життя в Китаї, невпинне й невгамовне, містить вічні спогади про минулі дні. Аніме розповідає три різні історії про втрату молодості і зустріч з дорослим життям.

Хоча реальність може здатися мінливою, незмінними є недовговічні моменти дитинства. Повна миска локшини, краса родини та випробування першого кохання переживають неминучий потік часу, коли три різних персонажі досліджують силу зв’язків та тепло заповітних спогадів.

У дитинстві Міра Кінохата познайомилася з хлопчиком Ао, який розповів їй про те, що в небі є зірка з її іменем. А от зірки з іменем Ао не існує. Тоді вони пообіцяли одне одному, що разом вивчатимуть космос, щоб відкрити нову зірку і назвати її на честь Ао.

Два нових слідчих Бюро Державної Безпеки намагаються зрозуміти систему Сивіла та знайти правду у нестабільному світі Психопаспорту.

Війни і катаклізми перетворили Землю на пустку. Лише руїни та уламки військової техніки зустрічаються на шляху. Технології старого світу зосереджені в руках дуже невеликої групи людей — шляхти. Звичайні люди виживають в містах, що ще залишилися. Але ніхто вже не вірить в майбутнє. Цивілізація поволі йде до занепаду.

У Юджі Кайдо було діагностовано серйозне захворювання і його було кріогенно заморожено. Він прокинувся більш як через 20 років, але Земля вже змінилася. Раса хижих жуків названих Блакитами заполонили Землю.

Учені відкрили таємничу речовину, яка може безпосередньо взаємодіяти з людським мозком. Ця речовина, названа "Екзотична Матерія (XM)", існувала з найдавніших часів і впливала на людську свідомість і прогрес людства. Після цього відкриття розв'язалася битва між націями і гігантськими корпораціями. Організації по всьому світу розпочали таємну гонку для використання XM. Вона є як можливістю, так і загрозою для людства. Дві фракції прагнуть керувати XM.

У казковому лісі живуть дівчатка заввишки дев’ять сантиметрів – Хакумей і Мікочі. Їхня оселя – невеличкий будинок всередині велетенського дерева. Дівчатка використовують допомогу комах, пташок та інших створінь, щоб добувати припаси. Хакумей і Мікочі – не одні ліліпути в цьому лісі – недалеко від місця їхнього проживання побудоване ціле місто, яке населяють такі ж ліліпути, як і ці дівчата. Їхнє повсякденне життя завжди сповнене цікавинок та дивацтв.

Історія розгортається навколо п’ятнадцятирічного пілота на ім’я Клаус Барка і навігатора Лаві Хед, які виконують на своєму ваншипі кур’єрські завдання. Зазвичай вони беруться за відносно прості й безпечні завдання, але одного дня кур’єр, що помирає, просить їх закінчити його місію.

У загадковому майбутньому кристалічні організми під назвою Коштовні камені населяють світ, зруйнований шістьма метеоритами. Кожний камінь виконує свою роль у боротьбі з Місяцівнами – видом, який нападає на них, щоб розколоти їхні тіла і використати як коштовності.

Манджі, вбивця самураїв, був проклятий і став безсмертним. Щоб позбутися прокляття, він має вбити тисячу лиходіїв. У своїй подорожі він зустрічає юну дівчину Рін і обіцяє допомогти їй помститися за смерть її сім’ї. Манджі мандрує разом з нею і продовжує рухатися до власної мети.