Юске Йоцуя разом зі своїми однокласниками Іу Шіндо та Кусуе Хакодзакі були перенесені в дивний і невідомий світ, населений різноманітними міфологічними істотами. Щойно вони прибувають до нового світу, зустрічають істоту, яке кличе себе Ґейм майстром і потім видає їм обмежений у часі квест. Щоб ті змогли виконати своє нове завдання, Ґейм майстер дарує Шіндо і Хакодзакі ролі мага і воїна, в той час, як Йоцуя випадково отримує роль… фермера.

16 серпня, середина довгих літніх канікул. Порожні шкільні класи, де нікого немає, сумні дні… які раптово перериває неочікувана подія — будинок школи, Наґара та 36 його однокласників переміщуються в інший вимір! Там підлітки, покинуті напризволяще, стикаються з багатьма загадковими ситуаціями та явищами. Але найголовніше — отримують різні здібності, що лежать поза межами людського розуміння. Дехто радіє отриманій силі та влаштовує безчинства, інші намагаються зайняти місце лідера групи, а дехто — відчайдушно шукає спосіб повернутися у світ, з якого прибув.

Сирітку Фену Гутман виховували на острові, де вона мала стати рабинею, яку б використовували солдати Британської Імперії. Але Фена – не якась слабка сирітка. Коли відкривається її таємниче минуле, Фена руйнує кайдани. Її мета – створити нову особистість, вільну від пут, і знайти місце, якому вона належить, а також розгадати таємницю, що ховається за словом “Едем”.

У Юджі Кайдо було діагностовано серйозне захворювання і його було кріогенно заморожено. Він прокинувся більш як через 20 років, але Земля вже змінилася. Раса хижих жуків названих Блакитами заполонили Землю.

Учені відкрили таємничу речовину, яка може безпосередньо взаємодіяти з людським мозком. Ця речовина, названа "Екзотична Матерія (XM)", існувала з найдавніших часів і впливала на людську свідомість і прогрес людства. Після цього відкриття розв'язалася битва між націями і гігантськими корпораціями. Організації по всьому світу розпочали таємну гонку для використання XM. Вона є як можливістю, так і загрозою для людства. Дві фракції прагнуть керувати XM.

У третьому тисячолітті, коли люди давно покинули Землю і розселилися галактикою, між абсолютною монархією Галактична Імперія та республікою Альянс Вільних Планет вже 150 років триває війна. І на осяяному полум’я війни небосхилі спалахують зірки героїв, яким долею призначено змінити світ.

1986 рік. Федеративна республіка Німеччина. Геніальний японський нейрохірург, який блискуче проводить навіть найскладніші операції, Кендзо Тенма працює у лікарні “Ейслер Меморіал”. Одного разу він рятує хлопчика, якого було поранено в голову з вогнепальної зброї під час убивства його батьків. Ця подія назавжди змінює життя доктора Тенми. Згодом відбувається серія убивств, у тому числі і завідуючого лікарнею. Таким чином Тенма стає новим завідуючим. А хлопчик, який вижив після операції, та його сестра-близнючка таємничо зникають з лікарні.

Відьми — це люди із особливими силами, як от телекінез чи контроль свідомості. Робін, 15-річна Обдарована, приїжджає з Італії до Японії, щоб працювати у японському відділі Виконавчого Об’єднання «Соломон» (ВОС-Я). Вона — заміна вбитого відьмами мисливця з ВОС-Я. На відміну від інших підрозділів ВОС, ВОС-Я намагається захопити відьом живими, щоб зрозуміти чому і як ті стали такими.

Нацуме Такаші призвичаївся до зустрічей з йокаями, які приходять за своїми іменами, що містяться в Книзі дружбі, запечатані бабусею Нацуме, Рейко. Завдяки цим зустрічам Нацуме краще розуміє аякаші, Рейко, а також себе самого.

Книга дружби - могутній існструмент, який можна використати, аби контролювати йокаїв. Книгу шукають як аякаші, так і екзорцисти. А сам Нацуме просто хоче жити простим мирним життям, але постійно потрапляє в усілякі пригоди. Він дізнається більше про Книгу, світ екзорцизму, а також починає відкривати серце тим, хто йому допомагає.

Джінто тимчасово полишив Космічні сили, аби попрямувати в систему Гайдер разом з Лафіль, щоб очолити рідну планету, яку повернула Імперія в результаті операції Мисливець.